然而，需求的增长并不能让市场自觉形成完善的交易秩序，各地农村产权流转交易市场发展并不平衡，其设立、运行、监管都有待规范。国务院发展研究中心农村经济研究部研究员张云华对中新网财经频道表示，现有的农村产权交易机构不仅有国企、事业单位，还确实存在一部分以盈利为目的的机构从事该项业务经营。
　　《意见》对此进行了明确，农村产权流转交易市场是政府主导、服务“三农”的非盈利性机构，可以是事业法人，也可以是企业法人，设立农村产权流转交易市场要由当地政府审批。
　　张云龙认为，突出产权流转交易机构的非盈利定性，决定了服务平台将不能以盈利为目的，这或将大大降低受让人的交易成本，让利服务对象。
　　此外，《意见》强调农村产权流转交易以农户承包土地经营权、集体林地经营权为主，不涉及农村集体土地所有权和依法以家庭承包方式承包的集体土地承包权。张云华对中新网财经频道表示，将土地经营权从原有的土地承包经营权中独立出来，形成所有权、承包权和经营权“三权分置”格局，旨在让土地在流转过程中的权属更加清晰，流转不会侵害农户承包权和集体土地所有权的利益。
　　“一块土地从物质上看不出来产权所属，只有在权利系统里明确产权界定，才能保护农户和集体的利益。”张云华解释称，集体土地所有权不能流转保护了集体所有的权利，而家庭承包方式承包的集体土地承包权亦不能流转则是保护了个体承包方的权利。