对于联邦党人在权力交接前夜大搞以党划线、“突击提干”的损招儿，新上任的民主共和党总统杰弗逊早已深感不满。当听说有一些联邦党人法官委任状滞留在国务院之后，他立刻命令新任国务卿詹姆斯·麦迪逊扣押了这批委任状，并示意麦迪逊将它们“如同办公室的废纸、垃圾一样处理掉”。接着，针对联邦党人国会在换届前夜的立法，民主共和党人控制的新国会针锋相对，以牙还牙，于1802年3月8日通过了《1802年司法条例》，废除了《1801年司法条例》中增设联邦巡回法院的规定，砸了16位新任联邦法官的饭碗。尽管马伯里家大业大，但他显然对这份荣誉看得很重，因而下定决心要找个说法，把新任国务卿麦迪逊(民主共和党人)直接告上了最高法院。
　　接到控方律师的起诉状和辩方律师寄来的书面争辩后，马歇尔大法官以最高法院的名义致函国务卿麦迪逊，要求他解释扣押委任状的原因。谁料想，麦迪逊对马歇尔的信函根本就不予理睬。在当时的法律和历史环境下，麦迪逊这种目中无人、无法无天的行为是件稀松平常的事，因为联邦最高法院当时实在是一个缺乏权威的司法机构。1789年生效的美国宪法虽然规定了行政、立法、司法三权分立和制衡的格局，但这部宪法以及后来增添的宪法修正案，对于宪法最终解释权的归属问题从未做出任何明确规定。这部宪法没有赋予最高法院向最高行政当局和国家立法机构指手画脚、发号施令的特权，更别提强令总统、国务卿以及国会服从最高法院的判决了。