褚健被羁押后，在看守所内写下了多份自辩材料，一份材料中提及：自己曾找到浙大领导，询问此次调查的结论。领导给了一个模棱两可的回答：“说你有问题没有证据，说你没有问题不好说。”

　　2013年1月，对褚健的调查继续。国家审计署上海特派办对褚健在浙江大学的科研项目和中控集团进行全面审计。陈亚秋回忆，这次调查几乎是把褚健翻来覆去调查了个遍，最早追溯到褚健从日本学成归国后，在浙大进行的第一个科研项目。

　　2013年10月19日，褚健被刑拘，11月3日，被逮捕。

　　有传言称褚健涉案金额高达数亿元，有媒体形容褚健案是“新中国成立以来高校最大的腐败案”。

　　在经历两次退回补充侦查后，2015年2月，浙江湖州市检察院对褚健提起公诉。检方指控，褚健涉嫌犯有贪污罪，挪用公款罪，行贿罪，职务侵占罪，挪用资金罪，故意销毁会计凭证、会计账簿罪等。