朱镕基常用“吏不畏我严，而畏我廉；民不求我能，而求我公”的古训鞭策自己，从来不搞特权。他外出考察轻车简从，常常与随行人员一起吃自助餐，自己拿盘子去盛饭菜。他作风务实，反对浮夸，告诫下级要“做清白的人，做干净的人，说老实话”。他为自己“约法三章”：不题词、不剪彩、不批条子，数年中极少破例。其中“破戒”两次：一次是为中国新成立的三个国家会计学院题写了校训“不做假账”，一次是为中央电视台《焦点访谈》栏目题词“舆论监督、群众喉舌、政府镜鉴、改革尖兵”，被人民群众传为美谈。

朱镕基爱憎分明，疾恶如仇，以不怕得罪人、敢于唱黑脸著称。在查出陈希同贪污腐败案后，他极为震怒地说：“反腐败要先打老虎后打狼，对老虎绝不能姑息养奸，准备好一百口棺材，也有我的一口，无非是个同归于尽，却换来国家的长久稳定发展和老百姓对我们事业的信心。”他在总理任期内，防治腐败始终处于优先位置。他亲自督办厦门远华走私案，严词表示，要彻底查处走私案件，狠狠打击走私犯罪分子，要依法杀一批人，杀一儆百。其间600多名涉案人员被审查，近300人被追究刑事责任，多名罪大恶极的腐败官员被判处死刑。对震慑犯罪、抑止腐败起到了重大作用。